Problém je tedy v tom, že uživatel má svůj domovský adresář čitelný pro všechny? Má to smysl třeba pro to, aby web server měl do home přístup. Pokud to nechceš, změň si práva na těch adresářích (třeba na 700) a v .profile pak nastav umask tak, aby byla výchozí hodnota podle tvých představ.