Bez keců; spouštíme jako root:
1) Pokud nemáme balík xfsdump, nainstalujeme si ho např. pomocí:
# apt-get install xfsdump
2) Zjistíme si míru fragmentace:
# xfs_db -c frag -r /dev/sda1
3) Defragmentujeme:
# xfs_fsr -v /dev/sda1
Hotovo :P
P. S.: Není potřeba tohle provádět často, míra fragmentace je za normálních okolností 20 - 100× nižší než u NTFS.