Nevím z jakého důvodu chceš zachovat /home z Ubuntu, ale předpokládám, že kvůli uloženým datům. Pokud tomu tak je, promazal bych před instalací skryté složky v tomto adresáři. Ty si zobrazíš v Nautilusu pomocí ctrl+H. Pokud chceš zanechat /home právě kvůli konfiguračním souborům, tak bych se toho trochu bál a já osobně bych to nedělal.